Kościół i klasztor został wybudowany w roku 1645 przez Zofie Pudencjanne Ostrogską. Pierwotnie miały zamieszkać w klasztorze Siostry Klaryski. Król Władysław IV osadził jednak O.O. Pijarów. Od 1658 rozpoczęto naukę w nowej szkole. I tak przez stulecia złączyły się ze sobą kościół i szkoła.
W roku 1702 przebudowano fronton kościoła i dobudowano kaplicę św. Filipa Nereusza i św. Jana Nepomucena. Projekt rozbudowy przygotował włoski architekt van Grawen. Około roku 1758 dobudowano kaplicę św. Józefa Kalasantego i obecną zakrystię. Pierwotnie zakrystia mieściła się w salach za prezbiterium kościoła, które obecnie zajmowane są przez liceum na sale lekcyjne. W roku 1776 nastąpiła kasata zakonu przez władze zaborcze. Majątek O.O. Pijarów przepisano na skarb państwa.
Pod koniec XIX w. skromny remont przeprowadził Ks. Stanisław Grynicki, katecheta i późniejszy proboszcz Fary.
Około r. 1930 Ks. Turkowski Maurycy z ofiar uczniów zakupił w Wiedniu organy firmy Rieger. W czasie okupacji Niemcy korzystali z kościoła jako z "Wehrmachtskirche". W czasie bombardowań została zniszczona wieża południowa, odbudowana została staraniem Ks. Kan. Stanisława Kulanowskiego, częściowo też dach został pokryty starą blachą.
W latach 1951-1970 rektorem, a w latach 1970-1998 proboszczem był Ks. Prałat Walenty Bal. Wtedy wymieniono okna drewniane na metalowe, nadbudowano wieżę północną, podbito płytę żelbetonową pod przechylającą się wieżę południową, dwukrotnie odnawiano elewacje i cokół kamienny fundamentów, zrekonstruowano portal, dwukrotnie kryto dach, najpierw blachą ocynkowaną, później miedzianą, kupiono dzwon i sygnaturkę, wyremontowano i uruchomiono zegar na wieży, położono marmurową posadzkę, przeprowadzono kanalizację, radiofonizację, dwukrotnie elektryfikację, zainstalowano centralne ogrzewanie, dwukrotnie odnawiano polichromie, a w ostatnich latach przeprowadzono konserwacje ołtarzy, ambony i sztukaterii na sklepieniu prezbiterium i nawy głównej. Dla potrzeb katechetycznych i duszpasterskich wybudowano pomiędzy kościołem a budynkiem liceum kaplicę św. Maksymiliana, odrestaurowano i zabezpieczono kryptę pod prezbiterium. Szczególnym osiągnięciem było odzyskanie w roku 1979 bocznej kaplicy od strony muzeum. Po wielu rozprawach sądowych i niesłusznych oskarżeniach kaplica stała się własnością kościoła tak jak było to w pierwotnych założeniach budowlanych. Nosi ona tytuł Miłosierdzia Bożego.
W roku 1989 przepisano kościół na własność parafii rzymsko - katolickiej. Tutaj jako nauczyciel gimnazjum modlił się sługa boży Ks. Stanisław Papczyński - założyciel zgromadzenia Księży Marianów, jako uczniowie gimnazjum modlili się: bł. Józef Sebastian Pelczar bp, bł. Ks. Roman Sitko - Męczennik Oświęcimia, sługa boży Ks. Jan Balicki.